Художественный музей был основан в Республике Бурятия в 1944 году. Целью учреждения музея было собирательство и хранение предметов изобразительного искусства современных художников и в, первую очередь, художников Бурятии.

В основу формирования фонда художественного музея легла коллекция, приобретенная Управлением по делам искусств СНК БМАССР с декадной выставки «Искусство Бурятии» в Москве в 1940 году и в последующие годы, выполненные по контракту. В приказе №25 от 7февраля 1946 года Управления по делам искусств при СНК БМАССР написано: «Все произведения-картины, портреты, пейзажи, приобретенные Управлением по делам Искусств от художников, включая и произведения, выполненные художникам по контрактационным договорам с Управлением за период с 1-го января 1936 года, т.е. с начала образования Управления по делам Искусств при СНК БМАССР по 1-е января 1946 года передать безвозмездно Государственному Художественному музею БМАССР.  По распоряжению Министерства культуры РСФСР и СССР в период 1947 по 1950-е годы в музей поступили произведения русских и советских художников из Государственной Закупочной комиссии и из Государственного Русского музея.  В структуре музея определено комплектование и хранение по видам изобразительного искусства: живопись, графика, скульптура и декоративно-прикладное искусство.

     За все время существования художественного музея в фондах живописи, графики, скульптуры и декоративно-прикладного искусства сформировались следующие коллекции:

— коллекция бурятского искусства  (живопись, графика, скульптура, ДПИ)

— коллекция русского искусства XVIII- начала XX в.в. (живопись, графика,  скульптура)

 — коллекция советского искусства  (живопись, графика, скульптура, ДПИ)

— коллекция буддийского искусства (живопись, скульптура, ДПИ)

 — коллекция серебра

     Музей имени Ц.С.Сампилова является единственным в республике полным собранием художественных произведений бурятских художников.

Коллекция бурятского искусства  (живопись, графика, скульптура, ДПИ) —

 самая большая в музее и ее основой являются  картины, графические листы, скульптуры, декоративные композиции  художников Бурятии разных поколений.